Már felrögzített pénzforgalmi áfás bizonylatot bank vagy pénztár naplóból lehet kiegyenlíteni.
Ehhez be kell lépni a kívánt naplóba ("Könyvelés/Banki mozgások könyvelése" vagy "Könyvelés/Pénztári mozgások könyvelése"), majd ki kell tölteni a felső táblázat adatait. (Szállító kiegyenlítésénél a "T/K" oszlop Követelen áll.)
Ezek után a "Bizonylat teljes értéke" mezőből enter segítségével át lehet lépni az alsó táblázatba.
Itt ki kell választani a megfelelő partnert az "Ellen számla" oszlopban. A "Kapcsolódó bizonylat száma" mezőn állva ki lehet választani, vagy be lehet gépelni a kiegyenlíteni kívánt pénzforgalmi áfás bizonylat számát. A mező elhagyása után megjelenik az alábbi ablak, melyben az esetleges részkiegyenlítést lehet megadni. Ebben az ablakban látható az eredeti bizonylat teljes értéke, és az eddig kiegyenlített összeg is.
Az újabb verziókban már megjelenik egy jelölőnégyzet is "Áfa átvezetés automatikus könyvelése" felirattal. Alapértelmezetten ebben ott van a pipa, és ilyenkor automatikusan könyvelődik a pénzforgalmi áfás előírás áfa értéke is a kiegyenlítéskor. A pipa eltávolítására akkor lehet szükség, ha valamiért ezt az áfa átvezetési sort külön kell lekönyvelni a vegyes naplóba.

Az "Érték" mezőn enterezve egy újabb ablakban módosítható a felvitt összeg, és hogy melyik számlaszámokra könyvelődjön az ÁFA kiegyenlítése.

Ha minden megadásra került, akkor már csak a rögzítés van hátra. Így kiegyenlítésre kerül a bizonylat.
Vannak komplikáltabb esetek is. Ha az eredeti bizonylaton több ÁFA kulcs is szerepel, akkor azokat a bizonylat kapcsolása után külön sorokban emeli be a program. Amennyiben részkiegyenlítés történik, akkor a rendszer ÁFA kulcsonként arányosítja a kiegyenlítendő összegeket.
Kiegyenlítés devizás bankból
Előfordulhat olyan eset, amikor a forintosan kiállított pénzforgalmi áfás bizonylatot devizában egyenlítik ki. Ebben az esetben a könyvelés elején feltett kérdésre ("Devizás bizonylatok könyvelése?") igennel kell válaszolni. A felső táblázatból a devizás adatok megadása után át lehet lépni a tételekhez.
A fentebb írtaknak megfelelően ki lehet választani vagy be lehet gépelni a kapcsolódó bizonylatot. Ennek a mezőnek az elhagyásakor egy összetettebb ablak ugrik fel:

Ebben az ablakban első lépésként az eredeti bizonylat árfolyamát kell megadni. Ezután A "Kiegyenlítendő deviza összeg" mezőben megadható az esetleges devizás részteljesítés. Ha képződik árfolyam differencia, akkor az a legalsó mezőben látható, és a felette található pipa segítségével eldönthető, hogy könyvelésre kerüljön-e. Az árfolyam differencia a rögzítés után könyvelődik a bizonylat utolsó soraként. Az utolsó részkiegyenlítésnél ebben a sorban kerül korrigálásra az, ha a kerekítési pontatlanságok miatt forintosan nem futna ki nullára a bizonylat. (A program csak akkor tud korrigálni, ha az utolsó részkiegyenlítésnél van árfolyam differencia, és ezt le is kívánják rögzíteni.) Az "Árfolyam differencia főkönyvi száma" mezőben megadható, hogy melyik főkönyvi számra könyvelje a rendszer az árfolyam különbözetet. Ezt az adatot a rendszer az alapadatok menüpont alapján ajánlja fel. Ha meg van adva a "Banki árfolyam nyereség" és a "Banki árfolyam veszteség", akkor azt ajánlja fel a program a kiegyenlítéskor. Egyébként az "Árfolyam nyereség" vagy az "Árfolyam veszteség" alapadatot ajaánlja fel. Ha ez egy alábontott főkönyvi szám, akkor meg kell adni, hogy az egyik alábontását, hogy mire könyveljen a rendszer.
A kiegyenlítési adatok megadása után a "Ft érték" mezőn enter segítségével megadható (a forintos kiegyenlítéshez hasonlóan), hogy milyen Tartozik/Követel oldalra rögzüljön a pénzforgalmi áfa kiegyenlítési sora, illetve átírható az áfa bevallás dátuma és az áfa teljesítés dátuma is, egy-egy beviteli mezőben. Ez utóbbi automatikusan az előírás számviteli teljesítési dátumával lesz feltöltve.

Ennyi adat megadása után akár már rögzíthető is a bizonylat.