Alap esetben az áfát a szállító kiszámlázza a vevőnek, azaz elkéri tőle az ellenértékét, és a szállító ezt az áfa összeget vallja be az államnak (furcsa módon ez utóbbi akkor is igaz, ha a számla nem került kiegyenlítésre).

A fordított áfánál a szerepek felcserélődnek: A szállítónak az áfával semmi dolga, azaz nem kéri el azt a vevőtől (áfa nélkül számláz neki), és bevallási kötelezettsége sincs az állammal szemben. Ellenben a vevőre hárul az áfa ellenértékre való "rátétele", az állam felé való bevallása, és bizonyos esetekben (ha ezt az áfát nem jogosult levonni) a megfizetése is.

A számlatükörbe fel kell venni egy 466, és 467 alábontott számlát a fordított áfához. A folyószámla, vagy pénztár naplóban könyvelés közben ugyanúgy kell könyvelni a tételeket mint a normál könyvelés közben. Amikor az Áfa típusa rovathoz érünk akkor az újfajta integrált áfa típus választó ablakból a Fordított áfa kódot választjuk. A program ekkor automatikusan lekönyveli a tétel áfa tartalmát a beállított 466, és 467-es számra, de csak akkor ha a Karbantartás/Áfa kódok karbantartása menüpontban beállítjuk az áfa átvezetési számlaszámot a fordított áfa könyveléséhez, és a megfelelő 466, és 467-es számot. Erről bővebben itt olvashat: ÁFA kódok karbantartása